Для того чтоб объединить компании следует: 

1) Открыть карточку объединения компаний

2) Выполнить в карточке объединения компаний настройки

3) Нажать [Ок]

Существует два способа открыть карточку объединения компаний. В общем случае: 

1) Открыть раздел компании

2) Найти компании для объединения

3) В главной таблице раздела выделить две компании (клик ЛКМ по первой компании и, зажав Ctrl, клик ЛКМ по второй компании) 

4) Через меню раздела выполняем команду [Объединить компании]

Если компании имеют общее средство связи, тогда доступен второй способ:

1) Открыть раздел компании

2) Найти первую компанию.

3) Открыть в деталях раздела вкладку Потенциальные дубли

4) Используя контекстное меню таблицы  [Объединить компании] открыть карточку объединения компаний.